Попробуйте использовать амперсанд вместо вопросительного знака:
localhost/user2/file2&action=delete
В вашем htaccess правило переписывания может выглядеть примерно так:
RewriteRule ^user([0-9]+)/file([0-9]+)$ /page\.php?user=$1&file=$2
Как видите, вопросительный знак уже есть, хотя он замаскирован в адресной строке. Добавление другой переменной к строке запроса потребует амперсанда для успешной конкатенации.