Пропуск строк, соответствующих пробелу, табуляции или разрыву строки:
(Get-Content c:\FileWithEmptyLines.txt) | `
Where-Object {$_ -match '\S'} | `
Out-File c:\FileWithEmptyLines.txt
ОБНОВЛЕНИЕ: для нескольких файлов:
$file = Get-ChildItem -Path "E:\copyforbuild*xcopy.txt"
foreach ($f in $file)
{
(Get-Content $f.FullName) | `
Where-Object {$_ -match '\S'} | `
Out-File $f.FullName
}