Проблема размещения категорий заключается в том, чтобы научить Magento, какую категорию использовать.
Например, ваш продукт может быть в категориях "category-1 / category-1-2 /" и "category2 /".
Самый простой способ - создать один новый атрибут с именем "main_category", и в ваш файл сайта добавить этот код
$base = Mage::getBaseUrl(Mage_Core_Model_Store::URL_TYPE_WEB);
$categoryUrl = $product->getAttributeText('main_category');
if($categoryUrl !== NULL):
$base.$categoryUrl.$product->getData('url_path');
else:
$base.$product->getData('url_path');
endif;