Можете ли вы подробно описать шаги, которые вы прошли? Существует два отдельных способа добавить домен для приложения - запуск на панели управления приложениями или запуск на панели управления App Engine - и несколько вещей, которые вы могли сделать неправильно.
Кроме того, убедитесь, что на поддомене нет ничего другого (например, «www»), на котором вы хотите, чтобы ваше приложение.
Наконец, обратите внимание, что App Engine не поддерживает «голые» домены - foo.com вместо www.foo.com. Поддомен всегда требуется.