Что именно не работает, как вы хотите? На моей машине после запуска вашего perl-кода файл выглядит так:
[TEMP.s_m_update_BUS_spec] $$SRC_STAT_RA=WHG_STATUS_SITEENTSEQCHAIN_20110901999999.dat
[TEMP.s_m_upd_salions_rqthk] $$SRC_STAT_RN=WHG_STATUS_SITEENTSEQCHAIN_20110901999999.dat
Разве это не то, что вы ожидали?
Редактировать
Попробуйте изменить вашу команду на:
perl -p -i -e "s|\$\$SRC_STAT_RN=.*?|\$\$SRC_STAT_RN=WHG_STATUS_SITEENTSEQCHAIN_20110901999999.dat|gmx;s|\$InputFile_RN_RQT=/edwload/rqt/workingdir/restriction/.*?|\$InputFile_RN_RQT=/edwload/rqt/workingdir/restriction/WHG_STATUS_SITEENTSEQCHAIN_20110901999999.dat|gmx" Input_File
и посмотрите, соответствует ли результат ожидаемому:
[TEMP.s_m_update_BUS_spec]
$$SRC_STAT_RA=WHG_STATUS_SITEENTSEQCHAIN_20110901999999.datWHG_STATUS_SITEENTSEQCHAIN_20110901094550.dat
$InputFile_RA_SPE=WHG_STATUS_SITEENTSEQCHAIN_20110901999999.dat/edwload/rqt/workingdir/status_spe/WHG_STATUS_SITEENTSEQCHAIN_20110901094550.dat
[TEMP.s_m_upd_salions_rqthk]
$$SRC_STAT_RN=WHG_STATUS_SITEENTSEQCHAIN_20110901999999.datWHG_STATUS_SITEENTSEQCHAIN_20110901094550
$InputFile_RN_RQT=WHG_STATUS_SITEENTSEQCHAIN_20110901999999.dat/edwload/rqt/workingdir/restriction/WHG_STATUS_SITEENTSEQCHAIN_20110901094550.dat