Попробуйте вместо этого упакованную версию pecl (преимущество упакованных установок в том, что их проще обновить):
apt-get install php5-dev
pecl install pdo
pecl install pdo_pgsql
или, если вам просто нужен драйвер дляPHP, но он не обязательно должен быть PDO:
apt-get install php5-pgsql
В противном случае это сообщение скорее всего означает, что вам нужно установить более свежий пакет libpq.Вы можете проверить, какая у вас версия, запустив:
dpkg -s libpq-dev