gae-sqlite (теперь замененный встроенной поддержкой sqlite) предназначен для запуска серверной части сервера разработки приложений на sqlite для повышения скорости и снижения потребления памяти. Он не позволяет импортировать или использовать собственную схему sqlite в App Engine.
Вам необходимо выгрузить свои данные в файлы CSV и использовать загрузчик приложений App Engine (с которым вы связались) для массовой загрузки их в dev_appserver и производственную среду. С другой стороны, можно выполнять непосредственную загрузку напрямую из базы данных sqlite, но это намного сложнее и, вероятно, не стоит усилий.