Контроллер панели вкладок должен быть в корне.Что вы можете сделать, это создать метод, который возвращает правильно сконфигурированную панель инструментов и добавить ее к каждому из viewDidLoad контроллера представления (либо с помощью метода категории, унаследовав общий подкласс UIViewController, либо просто с помощью метода фабрики в стиле C).
Таким образом, ваша иерархия не переворачивается, а панель вкладок находится в корне, как и должно быть.