Я предполагаю, что вы имеете в виду XBAP (приложение браузера XAML) с WBA?
Silverlight и XBAP очень похожи друг на друга, но имеют некоторые существенные различия. Самым большим из них, скорее всего, является тот факт, что XBAP работают поверх полной платформы .Net, в то время как Silverlight использует урезанную версию CLR и библиотек классов. Это приводит к тому, что Silverlight не хватает некоторых функций WPF, доступных в XBAP.
Также стоит понимать, что XBAP технически являются приложениями ClickOnce и поэтому устанавливаются на компьютер пользователя. Это происходит автоматически, и пользователь не обязательно понимает это - но, по крайней мере, для меня, если бы я увидел загрузку XBAP со случайного веб-сайта, я бы, скорее всего, отменил его и перешел на другой сайт.
Для XBAP также требуется IE или Firefox и платформа .Net, для которой они созданы. Для Silverlight требуется только проигрыватель Silverlight, который доступен для IE, Firefox и Safari, работает в Windows и OSX и намного меньше, чем полный .Net framework с точки зрения размера загрузки.
При этом я предпочитаю XBAP, если знаю, что ограничения не являются проблемой. Если бы я разрабатывал приложение для использования в интрасети, я бы использовал XBAP, поскольку он обеспечивает более универсальную среду. Если бы приложение было развернуто в Интернете, я бы использовал Silverlight, чтобы охватить как можно больше пользователей.