Вы можете установить схему непосредственно на фабрике SAX Parser.
SAXParserFactory factory = SAXParserFactory.newInstance();
SchemaFactory schemafactory = SchemaFactory.newInstance(XMLConstants.W3C_XML_SCHEMA_NS_URI);
Schema sc = schemafactory.newSchema(new File("path to xsd file"));
factory.setSchema(sc);
SAXParser parser = factory.newSAXParser();
parser.parse(file, handler);
Расположение xsd в xml-файле также может быть относительно xml-файла, поэтому, если ваш xsd присутствует вместе с xml-файлом локально, ваш текущий xml-файл должен работать.