Не видя полной разметки HTML, трудно понять наверняка, но, скорее всего, это связано с тем, что IE 6 рендерит блочную модель в режиме причуд [1]. Чтобы IE 6 использовал режим стандартов, убедитесь, что вы явно объявляете тип документа в начале своей HTML-страницы:
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN"
"http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">
Если вы используете тип документа XML, убедитесь, что вы НЕ начинаете с объявления XML. Если у вас есть объявление XML до заголовка doctype, IE 6 переключится в режим причуд. Если вы используете тип документа XML, ваш заголовок должен выглядеть следующим образом:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN"
"http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
НЕ это:
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN"
"http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
[1] http://en.wikipedia.org/wiki/Quirks_mode