Нет, простой вызов flush()
заставляет PHP выдвинуть свой буфер на веб-сервер, не более того. Даже если в IE есть данные для таблицы, он не будет отображать их раньше времени.
Единственное, что вы можете сделать, - это создать таблицу с JavaScript и добавлять ее по частям. Конечно, это смешно, и вы никогда не должны этого делать. Это будет невероятно медленно.
Вы ничего не можете сделать с этим поведением (если не считать предложения Квентина, которое меняет ваш макет), и, конечно, не на стороне сервера.