Если вы имеете дело со многими файлами, распространенным является принцип распределения файлов по нескольким (под) каталогам.Это потому, что если каталог содержит слишком много каталогов и файлов, файловая система должна выполнять больше работы.В таком случае помогает распространение файлов.
Но это всегда зависит от базовой файловой системы, которую вы используете в качестве базы данных.Вам нужно посмотреть, какой из них вы используете, а затем проверить, какие функции он поддерживает и какие ограничения даны.
На уровне приложения вы должны смоделировать доступ к файлам и их обработку, чтобы вы могли изменить способ хранения файлов вашим приложением.позже, без переписывания всего приложения.