import re
regx = re.compile('(\A)|(\|)|(\Z)')
def repl(mat, di = {1:'[[', 2:'],[', 3:']]'} ):
return di[mat.lastindex]
ss = '1,55,6,89,2|7,29,44,5,8|767,822,999'
my_data = eval( regx.sub(repl,ss) )
print my_data[1]
print my_data[1][2]
результат
[7, 29, 44, 5, 8]
44
Я знаю: некоторые будут кричать, что не используют eval ()
Редактировать
ss = '1,55,6,89,2|7,29,44,5,8|767,822,999'
my_data = eval( ss.replace('|','],[').join(('[[',']]')))