Да, вы можете изменить корневой контроллер окна. Установите свойство окна rootViewController
для нового контроллера, и все готово. Не забывайте, однако, что первый контроллер (тот, который вы удаляете) не будет получать сообщения viewWillDisappear:
и viewDidDisappear:
. Отправьте их сами, прежде чем переключать контроллеры, если они вам интересны.