Я использовал программу под названием portecle, чтобы открыть хранилище ключей Android, изменить тип на p12 и затем сохранить как файл .p12.
Flash Builder принял это решение, чтобы подписать мое приложение.
Я еще не отправил в магазин, но пока хорошо выглядит.
Казалось бы, такой способ подписи мобильных приложений AIR гораздо дешевле, чем покупать сертификаты, например, Thawte et. и др.