@Resource аннотация имеет атрибут name, в котором вы можете указать JNDI-имя компонента, который вы хотите внедрить. Контейнер, однако, префикс его с java:comp/env, что означает, что он будет искать ресурсы в вашем локальном пространстве имен JNDI.
Насколько мне известно, вам придется выполнить программный поиск JNDI для этого.