Если ваш файл cookie еще не существует, вы не можете прочитать его значение и что-то с ним сделать. При просмотре источника плагинов cookie он возвращает ноль (не пустую строку), если такого cookie нет, поэтому «заменить» не удастся. Как насчет
var cookie = $.cookie("CompareList");
if (cookie) {
$.cookie("CompareList",cookie.replace("," + id + ",", ""),
{ path: "/" });
}
Ваш заменяющий фрагмент также выглядит довольно подозрительно. Это заменит строку формы ",someid,"
пустой строкой, это действительно то, что вы хотите?