Книга Марка Уотсона (бесплатная версия в формате pdf: http://www.markwatson.com/opencontent/book_java.pdf),, менее известная книга Clojure, которую он опубликовал в прошлом году, посвящена некоторым полезным графическим технологиям, в основном аллегрографу.
У меня самого нет большого опыта работы с библиотеками db для графов, но в цитированной выше книге упоминается, что neo4j оптимизирован для обхода графов, тогда как аллегрограф оптимизирован для сопоставления подграфов. Так что выбор, скорее всего, будет зависеть от вашего конкретного приложения.
Если вы пользуетесь аллегографом, автор этой книги отказывается от лицензии AGPL на свои обертки для производственного использования, если вы покупаете копии его книги, и, конечно, может свободно использоваться на условиях лицензии https://github.com/mark-watson/java_practical_semantic_web
Библиотека оболочки clojure-neo4j существует, хотя неясно, будет ли она скомпрометирована или готова к использованию с учетом даты последнего коммита https://github.com/JulianMorrison/neo4j-clojure. Самый последний обновленный форк от mattrepl, однако, был не таким длинным назад: https://github.com/mattrepl/clojure-neo4j.git