Я бы сказал, что вы должны иметь возможность создавать одно веб-приложение для доступа к отчетам Jasper, а не кучу пакетных процессов. Затем, когда вам нужно развернуть новый отчет, просто разверните незначительное обновление, которое обращается к новому скомпилированному файлу отчета Jasper.
Тем не менее, вы должны проверять свой код, а не двоичные файлы, в хранилище Subversion или Git. Дамп «доморощенного» репозитория исходного кода. Жизнь слишком коротка, чтобы пытаться выращивать подобные вещи. Просто используйте Git или Subversion, они проверенные, простые и функциональные. Когда вы импортируете новый проект, просто извлеките его из Subversion, не пытайтесь импортировать файл JAR из вашей Eclipse IDE.
Поместите ваши JAR-файлы в репозиторий Maven, например Nexus, и разверните их в QA и Production. Создавайте автоматические сборки для каждого проекта (будь то с Maven или что-то еще). Не полагайтесь на IDE для экспорта файлов JAR. Изменение и экспорт IDE из IDE предоставляет больше возможностей для человеческих ошибок. Кроме того, разные разработчики предпочтут разные IDE. Стандартизируя что-то вроде Maven, вы немного более независимы от IDE.