Суть git заключается в том, что история включается в каждый коммит путем хеширования родительского коммита. Вы можете «воспроизвести» коммиты (по сути, так работает svn-импортер) в новый репозиторий и сохранить только каждый подпроект. Это, однако, разрушило бы значение хэшей коммитов. Если у вас нет проблем с этим, пусть будет так.
В прошлом я просто клонировал его и пошел дальше. Это делает вещи больше, но дисковое пространство дешевое; мое время дорого.
Я также не знаю каких-либо инструментов для склейки каталога. Я полагаю, что вы можете выполнить git-log в каталоге, чтобы найти все коммиты в нем, а затем воспроизвести коммиты, например, git-fast-export?