с полным набором плагинов JavaEE в Eclipse, это просто для управления / развертывания на glassfish. Возьмите версию Eclipse для JavaEE и следуйте указаниям мастера для создания нового корпоративного приложения.
Вообще говоря, если вы не отлаживаете, единственная интеграция, которая вам действительно нужна: запуск, остановка, развертывание. Вы можете сделать это практически для любой IDE / script / buildfile. Придерживайтесь IDE, в которой вы наиболее продуктивны.