Да, это будет работать. Но только если входные данные точно совпадают: word word<enter>
.
Если пользователь вводит что-то отличное от этого формата, например, пробел между 2-м словом и , введите , ваша логика не удастся.
char newline;
char out[50];
char in[50];
scanf("%s %s%c", out, in, &newline);
if(newline != '\n')
{
printf("error!");
}
Кроме того, scanf не следует использовать для чтения с такого ввода. Попробуйте использовать fgets для чтения ввода и strtok для анализа данных.