Приложение ядра приложения - это обычное веб-приложение, развернутое на ядре приложения. Если вам нужно аутентифицировать своих пользователей, сделайте это. Если вам не нужно, то не надо.
Однако вы что-то упускаете: после развертывания веб-приложения на ядре приложения оно становится доступным из любой точки сети, и поэтому любой (и не только ваше приложение) может отправлять запросы в это приложение, независимо от того, используете ли вы SSL или нет. SSL просто зашифрует связь и гарантирует клиенту, что он общается с вашим веб-приложением, а не с мошенническим веб-приложением, маскирующимся под вашу.