Вы создали события уровня приложения, которые запускаются каждый раз при печати любого документа.Они запускаются один раз для каждого документа, в котором есть этот код, поэтому каждый раз, когда вы печатаете документ, вы получаете msgbox один раз для каждого открытого документа, в котором есть код, независимо от того, есть ли в документе, который печатается, код,
Итак, поведение не является неправильным, хотя очевидно, что оно не то, что вам нужно.
Вы должны поместить событие Before_Print в модуль ThisDocument вашего шаблона.Таким образом, событие произойдет только один раз и только тогда, когда напечатанный документ содержит код.