Я боролся с подобной проблемой, долгое время выяснялось, что ответом было простое, но не интуитивное переключение.
git add --update
или просто git add -u
добавит измененные файлы и удалит удаленные файлы.
И если вы также хотите добавить новые файлы: git add --all
или git add -A
добавит новые файлы, измененные файлы и удалит удаленные файлы.
Престижность для Geek Gumbo
А для более серьезной проверки документации Git SCM