Самый прямой перевод вашего неверного синтаксиса:
SELECT * FROM media WHERE mediaId IN
(SELECT mediaId FROM fav WHERE userId=1)
ORDER BY indx DESC LIMIT 0, 100
Лучший стиль (возможно, более быстрый, но я не измерял:
SELECT media.* FROM media
JOIN fav USING (mediaId)
WHERE fav.userId=1
ORDER BY media.indx DESC LIMIT 0, 100
Оба из них - стандартный SQL, кстати, и вторая форма, в частности, будет хорошо работать практически при любой реализации реляционной БД.