Я не совсем уверен, что получаю, но я сделаю снимок здесь.
Таким образом, в раскадровке вы можете создать представление, которое не связано или не связано с корневым представлением - вы просто перетаскиваете объект viewController из библиотеки и проектируете его, как хотите. Он не должен быть поверх чего-либо или содержаться в корневом представлении viewController.
Если у вас есть это, вы можете создать его, когда вам нужно:
[[UIStoryboard storyboardWithName:@"MainStoryboard_iPad" bundle:NULL] instantiateViewControllerWithIdentifier:@"someName"];
Оттуда вы можете расположить его и настроить анимацию UIView, чтобы отобразить его.
Или, может быть, я не понимаю ...
EDIT (исправлена ошибка):
myViewController = [[UIStoryboard storyboardWithName:@"MainStoryboard_iPad" bundle:NULL] instantiateViewControllerWithIdentifier:@"someName"];
[self addChildViewController:myViewController];
[self.view addSubview:myViewController.view];
//do the animation on screen