На картинке написано более тысячи слов:
Я создал один src foulder и одна папка webscraper с один файл с именем dblp.py в нем.Почему Aptana / Eclipse показывает дубликаты?
Обходной путь - щелкнуть стрелку раскрывающегося списка в Project Explorer и выбрать «Настроить вид ...»; затем в новом диалоговом окне перейдите на вкладку «Содержимое» и снимите флажок «Локальная файловая система».