Я не знаю, как это сделать из C #, но это легко сделать в XQuery или XSLT 2.0. В XSLT 2.0 это:
<xsl:copy-of select="doc('doc.xml')//selected/element" validation="strict"/>
и в XQuery это
validate strict {doc('doc.xml')//selected/element}
Все, что вам нужно, это процессор XQuery или XSLT 2.0 с поддержкой схемы, который работает в выбранной вами среде.