Я не уверен, правильно ли я понял ваш вопрос.
Вы вызываете ваш модальный вид из вашего navController?
Если это так, проблема может заключаться в том, что дочерний viewController вызывает модальный режим, в то время как родитель должен, то есть rootViewController, который размещает ваш navController, а не сам navController.
Если ваш navController вызывает модальное представление - просто мнение - зачем вам вызывать модальное представление? выдвиньте его как вид в стек, который более совместим со средой UINavigationController.