Один из способов - просто отредактировать (или создать, если его там еще нет) файл startup.m, чтобы запросить у пользователя его идентификатор пользователя, а затем использовать его для загрузки правильного файла:
user_id = input("Enter your user id: ");
load(sprintf('user%i.mat', user_id));
Другой способ - использовать функцию unix whoami, если каждый пользователь использует свой собственный вход в систему:
[s,w]=unix('whoami'); %# w = eykanal
load(sprintf('%s_data.mat', w));