wkhtmltopdf - хороший кроссплатформенный инструмент для этого. Установите в соответствии с вашей операционной системой, затем позвоните с R например.
system("wkhtmltopdf --javascript-delay 1 in.html out.pdf")
Я обнаружил, что задержка javascript необходима для того, чтобы избежать сообщения «Загрузка [Contrib] /a11y/accessibility-menu.js», включенного в pdf в результате загрузки MathJax - что будут делать HTML-файлы, созданные с помощью R markdown.