Да, вы можете сделать это, изменив файл проекта.
Откройте файл csproj в текстовом редакторе и найдите в файле проекта строку, описывающую зависимость, которую вы хотите условно загрузить,и убедитесь, что это выглядит так, например:
<Reference Include="LinqBridge" Condition="$(TargetFrameworkVersion)=='v2.0'">
<HintPath>..\..\..\DevSupport\Lib\LinqBridge\LinqBridge.dll</HintPath>
<Private>True</Private>
</Reference>