Наконец-то я нашел ответ.
Выходной формат Pootle CSV:
Source;Target
Page Reports;Reports;रिपोर्ट
Page Charts;Graphs & Charts;रेखांकन और चार्ट
Если мы хотим использовать это в Zend Translation, мы должны отредактировать CSV в этот формат:
Source;Target
Page Reports;रिपोर्ट
Page Charts;रेखांकन और चार्ट
т.е. удалить первый столбец из вывода Pootle.Таким образом, Zend примет CSV в качестве ввода для перевода.
Удачи