Как вы говорите, старые EJB работают, но они не отражают обновленные методы - я думаю, что это кешируется.
Разверните на своем сервере следующий путь или аналогичный
DefaultDomain\servers\DefaultServer\cache\EJBCompilerCache
Там будет много папок со случайными именами, такими как ff7i19ot3cg6
и l443b5vws35h
Очистите все эти папки и заново разверните приложение