Я бы предпочел сделать наоборот.
Поместите номер версии в свой файл сборки как свойство. Во время сборки используйте задачу замены ant, чтобы вставить версию из ant в файл Version.java, а затем скомпилировать приложение.
Таким образом, у вас все еще есть только одно место, где написана версия, и ваш класс Version, поставляемый с приложением, идентичен тому, который у вас есть сейчас.