Да, это не очень хорошая ситуация.Я видел, как это случалось несколько раз, и чаще всего решением было воссоздать веб-сайт из чистой установки Joomla, скопировать данные и переустановить компоненты.
Однако сначала проверьте, что разрешения в порядке (№ 666, 777 и т. д.) и обязательно проверьте VEL, чтобы узнать, не знает ли какое-либо из ваших расширений уязвимости http://docs.joomla.org/Vulnerable_Extensions_List
Вы также можете проверить базу данных Inj3ctor http://www.1337day.com/.Большинство подобных взломов происходят через устаревшие расширения, открытые разрешения или, как linuxeasy упоминает плохо настроенный хост.
Настоятельно рекомендую установить на сайте jhackguard или eyesite.Eyesite будет следить за вашими файлами и сообщать вам, когда произойдут изменения - http://extensions.lesarbresdesign.info/extensions/eyesite