Переопределите BeginStart из вашего загрузчика и вызовите UseConfiguration.Вот пример кода, который работает для меня:
public class RemoteAppBootstrapper : AutofacBootStrapper
{
protected override void OnBeginStart()
{
var busConfiguration = new HostConfiguration()
.Bus( "msmq://localhost/endpoint.a" )
.ToBusConfiguration();
UseConfiguration( busConfiguration );
base.OnBeginStart();
}
}