Вы всегда можете встроить свой код JavaScript в файл .php следующим образом:
<?php
echo <<<JS
<script type='text/javascript'>
function quote_{$row['pid']}() {
var stringContent = $(".content_{$row['pid']}").html();
$("#wysiwyg").val("[quote={$row['author']}]" + stringContent + "[/quote]");
CKEDITOR.instances.wysiwyg.insertHtml('[quote={$row['author']}]' + stringContent + '[/quote]');
}
</script>
<textarea name="message" style="width:100%" tabindex="3" rows="10" id="wysiwyg">
</textarea>
JS;
?>
Кроме того, вы также можете использовать php-файлы, в которых вы сохраняете чистую (X) HTML-разметку, но когда вы дойдете до точки, где вы обычно эхо, просто сделайте это:
var stringContent = $(".content_"+<?= $row['pid']; ?>).html();