Нет, команда use database не требует больших затрат.
Но инструкция UPDATE блокирует всю таблицу, если вы используете MyISAM. Возможно, вы видите несколько операторов UPDATE, стоящих в очереди друг против друга.
Я рекомендую использовать InnoDB для всех таблиц. Не только благодаря поддержке блокировки на уровне строк (фактически, MVCC лучше, чем блокировка на уровне строк), но и InnoDB превосходит MyISAM с точки зрения устойчивости к повреждению данных.