Вы не говорите, загружаете ли вы MathJax на каждую страницу или только на те, которые содержат Math.Если на всех страницах, то добавьте
<script type="text/x-mathjax-config">
MathJax.Hub.Queue(function () {
... do whatever you need to start timer here ...
});
</script>
перед скриптом, который загружает MathJax.Это приведет к выполнению функции после того, как MathJax завершит набор текста (и если нет никакого набора текста, он все равно будет выполнен).
Если вы не загружаете MathJax на каждой странице, тогда выполнитеэто на страницах, которые включают MathJax, и просто запускайте таймер непосредственно на тех, которые этого не делают.