Как и Views, и CCK, модуль Panels добавляет много элементов div и классов, чтобы упростить создание темы. Модули Semantic Views и Semantic CCK позволяют настраивать и упрощать вывод. Это не было бы тривиально, но вы могли бы написать что-то похожее для панелей.
В противном случае практически все в панелях (и в Drupal в целом) выводится через функцию темы, поэтому вы можете переопределить эти функции темы , чтобы удалить некоторые ненужные элементы div и классы. Конечно, это то, что делают вышеупомянутые модули, хотя они делают это программно, а не переопределяя вручную отдельные функции.