Не удаляйте файл, просто удалите ссылку на него (запись в базе данных).Или, если вам нужно место, отметьте его для удаления и запустите задание cron, чтобы удалить файл позже.
Вы также можете поместить файл в базу данных, но из-за пути следа бумагиверсии, это может занять значительно больше места.