Да. Вам не нужны две учетные записи.
Позже, если вы хотите видеть транзакции, которые произошли только на одном сайте, вы можете создать расширенный сегмент для каждого домена и проанализировать их отдельно.
Еще одна идея - поместить домен корзины в поле Affiliation транзакции. Это поле обычно оставляют пустым, но вы можете использовать его для хранения чего угодно.