Термин Толстый клиент относится к настольному приложению, обычно написанному как собственное приложение для платформы пользователя.
«Приложение FAT32» не имеет смысла. Как вы говорите, FAT32 - это файловая система. Тем не менее, «Win32» относится к 32-разрядному приложению Windows (которое является распространенным вариантом реализации для толстого клиента в Windows). Я подозреваю, что докладчик мог объединить «Fat client» и «Win32 application» в «FAT32 application», что не имеет смысла. Либо так, либо докладчик на самом деле сказал «Fat Win32 application».