Я бы порекомендовал получать нужные данные через сервис, который вы могли бы вызывать из javascript, используя ajax, но ваша версия тоже работает, хотя и немного запутанно.
Если вы действительно хотите написать php-код, который генерирует код javascript, я рекомендую передать весь объект на сторону клиента. Просто сделайте его JSON, и javascript будет интерпретировать его как собственный объект javascript.
<script type="text/javascript">
var users = <?php echo json_encode($waiting_user);?>;
// do whatever you want to do with the users
// ex : iterate over all users
for(var key in users)
{
var id = users[key].id;
// ...
}
</script>
UPDATE
Если вы хотите передать на клиентскую сторону только идентификаторы пользователей, вы должны зациклить коллекцию пользователей (в php) и сохранить их в массиве (или объекте). Затем используйте механизм, описанный выше:
<?php
$user_ids = [];
foreach ($waiting_users as $waiting_user)
$user_ids[] = $waiting_user->user_id;
?>
// ....
<script type="text/javascript">
var user_ids = <?php echo json_encode($user_ids);?>;
</script>