Как упоминал Луи, лучший способ узнать это измерить.Затраты на звонки через JNI значительны.Лучше задать вопрос, часто ли вы вызываете свои методы.Другими словами, чтобы израсходовать 96% времени выполнения, ваш метод битовых манипуляций вызывается тысячи раз в секунду или он выполняет значительную работу за один вызов?Если это последнее, то весьма вероятно, что вы извлечете пользу из собственного кода.