Он не избежит обратной косой черты, вот фрагмент из консоли JS chrome:
>>> localStorage["test"] = "C:\\test";
"C:\test"
>>> localStorage["test"]
"C:\test"
Попробуйте опубликовать тестовый пример (например, используя http://jsfiddle.net/), который демонстрирует проблему - тестовый пример стоит тысячи слов.