Я бы предложил создать NSMutableDictionary для хранения значений и индексов из вашего первого массива. Используйте значения из массива в качестве ключей для словаря и представления NSNumber значений индекса из массива в качестве значений в словаре.
Итерация по первому массиву, добавление пар ключ / значение в словарь. Вы можете проверить существующие ключи словаря, чтобы увидеть, было ли это значение уже добавлено. Если это так, вы не добавите его, и, если я правильно понимаю, вы можете удалить соответствующую запись из массива second .